水源安全是灾后防疫重点，为保证生活饮用水卫生，防止肠道传染病的发生与流行，应对饮用水采取消毒处理措施。具体消毒方法如下：
一、井水消毒
1、被淹井水消毒：在水退后立即抽干被污染的井水， 先将井水掏干，清除淤泥，用清水冲洗井壁和井底，淘净污水，直到渗出的井水达到无色透明、无味为止。再按每吨水10-20g的漂白精粉澄清液浸泡12－24小时后，抽出井水，待自然渗出水到正常水位时，按每吨水2-4g的漂白精粉或按每100kg水加泡腾片1片投入井中，充分搅拌消毒30分钟后方可正常使用。
消毒次数一般每天2次，在晨起用水前和午后；对污染较重，用水较多的井则早、中、晚各1次，时间持续1周以上。
1.1直接消毒法：先按井水的水量计算出漂白粉的用量，井水的水量可按此公式算出：井内水量（米3）＝井内直径（米）×0．8×水深（米），每立方米水加8克漂白粉。用漂白粉调成糊状，投入井中，再搅动井水使之混匀，半小时后即可饮用。但每天必须投1－2次漂白粉。
1.2持续消毒法：将一定量的漂白粉装入塑料袋、竹筒、木盒或陶罐等容器中，将容器钻若干小孔，投放井中。此法一次投药，可持续10－20天的消毒效果。
2、不被淹的井水消毒：按每吨水2-4g的漂白精粉澄清液直接投入井中，充分搅拌，消毒30分钟后使用。
二、家庭饮用水消毒
1、存水用具必须干净，并经常倒空清洗。
2、煮沸是安全有效的消毒方法。
3、水质混浊度较低的：按每50kg水1片漂白精粉或按每150kg水加泡腾片1片投入水缸（桶）中，30分钟后使用。
4、水质混浊度较大、污染较重的，必须先加明矾澄清再消毒：50kg水加明矾或碱式氯化铝2.5－4g，或每桶水（约25kg）加花生米大小的明矾一粒，充分搅拌1-2分钟，静置10分钟左右，使水澄清后，弃去沉渣。然后按每50kg水1片漂白精片或每吨水加4-8g(有效氯50％)，30分钟后使用。
方法：将漂白精片研细，用清水调成糊状倒入需要消毒的水中，充分搅拌，加盖静置30分钟后方可使用。
三、缓释片（三氯异氰脲酸）应急消毒：按每60吨水投放一块（200g），可持续消毒10-15天。具体维持时间依水量大小而异。
四、澄清液的配制：将漂白精片研细，用清水调成糊状再加水稀释，静置澄清，取上层澄清液倒入需消毒的水中，充分搅拌30分钟后方可使用。
五、如果使用其他消毒剂，请按说明书使用。
六、缸水消毒法
缸水消毒是家庭用水消毒法之一。先测出缸内水量，再根据水量计算漂白粉用量，然后将漂白粉配成消毒液，滴入水缸搅拌混合半小时后，即可饮用。